Présentée dans les salles de la Villa des Arènes, demeure génoise du XVIIe siècle qui abrite le Musée Matisse depuis 1963, la collection permanente du musée compte aujourd'hui 68 peintures et gouaches découpées, 236 dessins, 218 gravures, 57 sculptures, soit la quasi-totalité de l'œuvre sculpté, 14 livres illustrés et aussi 95 photographies, 187 objets ayant appartenu au peintre, que complètent sérigraphies, tapisseries, céramiques, vitraux et documents.
L'intérêt de cette collection réside dans la possibilité de suivre l'évolution artistique de Matisse, ses avancées et ses recherches dans le domaine de la couleur et du graphisme.
En outre, la collection du musée a la grande particularité de rassembler les objets personnels de Matisse que l'on retrouve dans de nombreuses œuvres, en sujet principal de la composition ou en élément de décor. Le visiteur peut ainsi entrer dans l'intimité créatrice du peintre.